正象上面所说的那样，自动保护原则的优点在于简便易行。但是实行这一原则也有不便之处，这就是当作品权属出现争议或作品遇到侵权的情况时，著作权人举证比较麻烦。而对作品的著作权进行“登记”则有可以有效地解决这一问题。著作权登记证书可以作为“初步证据”——当对方举不出相反证据时，法院等机关可以直接认定证书的合法持有人为著作权人。同时，证书也对对作品的使用提供便利。
国家版权局曾于1994年12月31日发布了《作品自愿登记试行办法》，在我国实行作品自愿登记制度。不过，实行作品自愿登记制度并不改变著作权法规定的著作权自动保护原则。